Имеем виртуальный сервер с панелью ISP Manager.

Добавляем поддомен, например shop.domain.ru.

Ошибка при установке Битрикс.

The file .access.php is not found in the site root. Apparently the installation package has been unpacked incorrectly.
Please modify the server’s configuration or contact administrator of your hosting.

Однако при добавлении домена вида 1shop.domain.ru — проблем нет!

После 3х дневных разбирательств, хостер написал это —

Проблема заключается в неверной переменной $_SERVER[‘DOCUMENT_ROOT’]. Значение выставляется /var/www/user/data/www/domain.ru. Проблема возникает из-за включенной функции автоподдоменов для основного домена domain.ru. Так как в списке виртуальных хостов domain.ru оказывается выше чем конфиг shop.domain.ru, параметры берутся с основного домена. Переименовал конфигурацмонный файл для shop.domain.ru, сейчас должно работать. Отмечу, что изменения через ISPmanager вносить сейчас на данный сайт не получится, так как конфигурационный файл сайта переименован.